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Forschende untersuchen, inwiefern das Mikrobiom mit bestimmten Erkrankungen zusammenhängt. Es gibt Hinweise darauf, dass ein verändertes Mikrobiom bei chronischen Entzündungen, Übergewicht oder Stoffwechselstörungen eine Rolle spielen könnte. Auch psychische Aspekte werden zunehmend in diesem Zusammenhang betrachtet.
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Ein weiteres interessantes Gebiet ist die Entwicklung personalisierter Ernährung. Ziel ist es, die Zusammensetzung des Mikrobioms gezielt zu unterstützen. Dafür werden individuelle Bakterienprofile erstellt, auf deren Basis Empfehlungen gegeben werden können.
